对细菌的影响：促使细菌产生耐药性和耐药基因转移，并转化为院内感染的感染源，甚至造成感染的暴发流行。
对人体的影响：杀伤正常菌群，以致引发药源性疾病，特别在机体免疫力下降的情况下，继发性感染易于发生。另一方面，由于用药不当，感染不仅未能被及时控制，反而加重，可引起感染中毒休克死亡。
对群体的影响：人群带菌就有扩散可能，容易发生交叉感染。同时可促使医院耐药菌株的形成，并播散到医院外人群流行。
抗生素临床应用目前存在的问题
习惯或盲目使用固定的治疗方案：患者入院往往致病菌不明确，而采用固定治疗方案。这些方案对一般常见敏感菌感染都有肯定疗效。但病情往往比较复杂，重症感染大多是耐药菌引起的，也很可能是混合感染，若医院对细菌的耐药性变迁不熟悉，盲目采用这些固定治疗方案，就很难控制感染，甚至导致严重后果。
抗生素品种选择问题：临床医生和患者都有一种倾向，认为新品种总比老品种好，其实具体情况要具体分析，如头胞菌素发展过程中有第1、第2、第3、第4代之分。第3代较第1代相比有很多优点，如抗阴性杆菌作用较强，对B-内酰胺酶稳定，对绿脓肝菌有效，抗菌谱广，对厌氧菌亦有一定的疗效等。但也有不如第1代的地方，比如对金葡菌的效应，第1代头胞菌素比较强，所以对重症金葡菌感染应选择第1代而不是第3代。另外新品种一般价格昂贵。
抗生素给药方法中的问题：临床上习惯把治疗剂量放入500ml输液中连续点滴1次/日，这种用法血液浓度低，每天只有1次峰浓度，并且有效时间短，细菌还是容易继续繁殖。如青霉素类为繁殖期杀菌药，血清半衰期短，如1次/日静滴疗效时间很短，体内致病菌每天有很长一段时间不受药物影响而继续繁殖，而且本药对繁殖出新一代细菌作用不大，只有对正在繁殖中的细菌，青霉素才有强大的杀灭作用，因此应采用分次给药。
抗生素联合应用问题：目前住院患者大多联合使用抗生素，认为几种抗生素并用，抗菌谱更广，控制感染力度大。这是不正确的观点。联合使用抗生素应能达到协同或至少相加的治疗效果，减少、防止或延缓耐药菌株的产生为目的。选择抗生素联合应用治疗方案时应根据病原菌和药敏试验合理选用抗生素种类，在此基础上争取达到协同联合，避免拮抗联合。抗生素联合应用一般是在常用一种抗生素不能控制或诊断不明的严重感染、混合感染及难治性感染情况下，除特殊情况外一般以二联为宜。应避免繁殖期杀菌剂如β-内酰胺酶（包括青霉素类和头孢菌素类）与快速抑菌剂联合，以致细菌被后者抑制，而前者不能起任何作用。
抗生素滥用问题：临床上常以抗生素预防并发症和术后感染，据统计耗药量占抗生素总消耗量30%～40%，但有用价值仅占少数。预防性应用抗生素只能有目的地预防1～2种细菌引起的感染，盲目企图同时预防多种细菌感染则常失败，有时还会增加感染的发生率。
合理使用抗生素的建议
严格掌握指征：既是区别用药与不用药，又是是否小病（轻症）用大药的界限。对已确定为单纯性病毒感染性疾病（如感冒、肝炎等）尽量可能不用抗生素，皮肤、黏膜等轻微感染亦不全身应用抗生素。
严格掌握适应证：应根据患者全身情况，临床诊断、致病菌及其对药物的敏感性，药物的抗菌性能以及不良反应进行全面考虑。
严格控制预防性用药：预防性用药指征为：内科系统主要为创伤性检查、长期导管留滞、肿瘤强化疗患者，骨髓移植与免疫抑制等。外科系统的急症手术、进入下消化道、泌尿生殖道的感染手术，假体导管置入手术，心脑血管、骨科大手术及复杂外伤估计伤口已感染，大面积烧伤预防败血症等。
注意配伍禁忌及合理用药方法：静滴抗生素要注意配伍禁忌，抗生素与血管溶性药物、葡萄糖、氢化可的松、肝素、维生素B或维生素C等之间，均可发生配伍禁忌或相互作用，而使抗生素活力受影响，青霉素、氨苄青霉素与维生素C在同容器中静滴属禁忌，青霉素与庆大霉素混合静滴亦属不合理用药。B-内酰胺酶类抗生素静滴时，一定要采用分次给药方法。可将每次剂量溶于100ml溶液内滴注1小时，3～4次/日，药物应临时配制。大环内酯类（如阿奇霉素、红霉素）及多烯类抗生素（如二性霉素B），因间歇性推注反应及毒性太大，可采用连续给药方法。
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